Kaznionica u Lepoglavi bila je tijekom svoje 170 godina duge povijesti sinonim za najstroži i najčuvaniji zatvor.
Osnovana je 1854. godine u nekadašnjem samostanu pavlinskog reda koji je ukinut 1786. godine, nakon donošenja Edikta o vjerskoj toleranciji među kršćanskim vjerama austrijskog cara Josipa II. Upravnik Kraljevske zemaljske kaznionice, mađarski pravnik Emil Tauffer ukinuo je 1875. godine „kazne okova i batina“ i uveo progresivni zatvorski sustav irskog tipa, koji je uključivao i obavezni rad zatvorenika. Zatvorenici na izdržavanju kazni pleli su košare, obrađivali zemlju na zatvorskom dobru, brinuli su oko pčelinjaka, a svojim su uzornim ponašanjem i marljivošću mogli zaslužiti blaži zatvorski tretman.
Zatvor u Lepoglavi bio je jedan od najstrožih kaznionica Austro – Ugarske Monarhije u kojoj je primjerice, 1912. godine kaznu izdržavalo 800 zatvorenika, koji su bili smješteni u samo 70 ćelija. Zbog takvih, posebno teških uvjeta izdržavanja kazne u lepoglavskom zatvoru, donijeta je odluka o gradnji novog zatvorskog kompleksa. Početkom 1914. godine u Lepoglavi je izgrađena zgrada nove kaznionice u obliku zvijezde uz sjeveroistočni dio pavlinskog samostana.
I u novoj državi – Kraljevini Jugoslaviji, zatvor u Lepoglavi ostao je jedan od najstrožih, u kojem su zatvorsku kaznu izdržavali najteži prijestupnici, ali i brojni politički zatvorenici. Između dva svjetska rata u Lepoglavi su bili zatvoreni vodeći ljudi i glavni ideolozi Komunističke partije – Josip Broz Tito, Moša Pijade, Sima Marković, Otokar Keršovani i niz drugih članova Partije i SKOJ-a. Zbog teških uvjeta u lepoglavskom zatvoru osuđenici su pribjegavali čestim prosvjedima, štrajkovima glađu pa i pobunama, koje su ugašene brutalno silom.
Uvjeti u kaznionici još su se pogoršali nakon uspostave Nezavisne Države Hrvatske. Zgrada kaznionice teško je oštećena u napadu partizanskih snaga, koje su 14. srpnja 1943. godine oslobodili Lepoglavu i zauzeli kaznionicu. Na proljeće 1944. godine u Lepoglavi je počeo djelovati ustaški logor čiji je upravitelj bio Ljubo Miloš. Prilikom povlačenja ustaških i njemačkih snaga 1945. godine zatvorski je kompleks teško oštećen u eksploziji streljiva na obližnjoj željezničkoj stanici. U eksploziji je potpuno srušen zapadni dio pavlinskog samostana.
Uvjeti u kaznionici ostali su teški i u komunističkoj Jugoslaviji. U ovom je zatvoru 1874 dana boravio i zagrebački nadbiskup Alojzije Stepinac, koji je na montiranom procesu osuđen na 16 godina zatvora. Blaženi Alojzije Stepinac ovdje je kaznu izdržavao od 19. listopada 1946. godine do kraja 1951. godine, a u zatvoru je bio sustavno trovan.
U lepoglavskom zatvoru kazne su izdržavali i „hrvatski proljećari“ među kojima su bili i prvi hrvatski predsjednik Franjo Tuđman, Marko Veselica, Šime Đodan, Hrvoje Šošić, Vlado Gotovac i Dražen Budiša.
Lepoglava je ostala najstroži zatvor i u Republici Hrvatskoj, u kojem zatvorsku kaznu izdržavaju osuđenici za najteža kaznena djela.
Kompleks pavlinskog samostana odijeljen je od kaznionice tek 2001. godine, kada je počela i sustavna obnova ovo povijesnog zdanja.
